Ende des 18. Jahrhunderts wurde der Hafen durch Eisgang zerstört. Es wurde ein neues Hafenbecken östlich des heutigen Ebertplatzes errichtet, das schon bald nicht mehr den Erfordernissen entsprach. Als Folge daraus entstand im 19. Jahrhundert zwischen Markmanns- und Mühlengasse ein neuer Zoll- und Freiheitshafen, dort wo heute die Personenschiffe der Köln- Düsseldorfer- Rheinschifffahrtsgesellschaft vor der historischen Altstadt anlegen. Mit dem Beginn der Dampfschifffahrt auf dem Rhein ab etwa 1820 und dem Bau der Eisenbahnen stieg das Handelsaufkommen und machte neue Pläne zum Bau eines Hafenbeckens erforderlich. Die Entscheidung fiel auf den Standort einer natürlichen Rheininsel südlich der Altstadt, auch das "Wertchen" genannt. Das “Wertchen” diente bis dahin als Freizeitinsel für die Kölner Bevölkerung zum Flanieren und Baden. 1892 nach Erstellung zur befestigten Form wurde dieser Bereich "Rheinauhafen" genannt und ist heute noch weitgehend in dieser Substanz.

Etwa 100 Jahre nach Eröffnung des Rheinauhafens folgt nun ein neues Konzept. Die Nutzung für kulturelle und gewerbliche Zwecke sowie der Wohnbebauung wird angestrebt und als Erweiterung der Innenstadt angesehen. Die denkmalgeschützten Objekte sollen dabei den alten Charakter widerspiegeln und gemeinsam mit neuen Objekten eine interessante Mischung und dem Rheinauhafen seinen Charakter geben.